Các hệ sinh thái thuỷ vực, nguồn lợi thuỷ sản và nghề cá... là những đối tượng chịu tác động trực tiếp. Dự báo trữ lượng các loài hải sản kinh tế bị giảm sút 1/3 so với hiện nay.
Nước biển dâng và ngập mặn gia tăng dẫn đến các hậu quả: Nước mặn lấn sâu vào nội địa, làm mất nơi sinh sống thích hợp của một số loài thuỷ sản nước ngọt; Rừng ngập mặn bị thu hẹp, ảnh hưởng đến hệ sinh thái của một số loài thuỷ sản; Khả năng cố định chất hữu cơ của hệ sinh thái rong biển giảm, dẫn đến giảm nguồn cung cấp sản phẩm quang hợp và chất dinh dưỡng cho sinh vật đáy. Do vậy, chất lượng môi trường sống của nhiều loại thuỷ sản xấu đi.